Klčov patrí k starobylým spišským obciam. Prvá písomná zmienka "villa Kulchuan" pochádza z listiny uhorského kráľa Bela IV. z 15. júna 1258 a naznačuje, že v tom čase bola riadne vyvinutou obcou s vlastným chotárom.
Ďalšie tvary jej názvu z neskoršieho obdobia (Kulcfiua - 1263, Kulchuwan-1282, KisKotchwan -1360, Koichwa o 1598, Kolczovv-1773) aj prevzatý nemecký tvar Koitsch a maďarský Koleso, svedčia o tom, že ide pôvodne o slovanskú obec, ktorej názov pochádza od slova "klčovať". Z chotára Klčova sa ešte v 13. storočí oddelili chotáre Rožkoviec a Dolian.
Obec patrila k stredne veľkým na Spiši. V roku 1787 tu stálo 36 domov a žilo v nich 238 obyvateľov. Prevažujúcim zamestnaním Klčovanov bolo roľníctvo. V čele obce stál richtár a 1 - 2 prísažní. Riešili drobné priestupky obyvateľov a mali na starosti aj administratívne a daňové záležitosti obce.
Zemepánom Klčova v 14. - 16. storočí bol kartuziánsky kláštor na Skale útočišťa. Po jeho zániku v 16. storočí sa Klčov stáva poddanskou dedinou Spišskej Kapituly. Ostal ňou až do zrušenia poddanstva v roku 1848. Klčov bol do roku 1804 fíliou Spišskej Kapituly, potom bol pripojený k fare Spišský Hrhov.
V rokoch 1808 - 1809 bol v obci postavený murovaný kostol zasvätený Narodeniu Panny Márie. Na jeho mieste zrejme stál predtým starší kostolík, z ktorého sa zachovala časť neskorogotického krídlového oltára a časť renesančno-barokového interiéru. Po oboch stranách miestneho potoka Havadlenec je vybudovaná najstaršia časť obce Klčov s kostolom a bývalou obecnou školou.
Najstaršou murovanou stavbou je Vozáreň z roku 1723. Pod hlavnou cestou na dolnom konci boli vybudované novšie domy a hospodárske objekty, tzv. murovanice. V roku 1914 celá drevená časť Klčova nad cestou úplne zhorela. Po 1. svetovej vojne bola znovu vybudovaná z kameňa, tehál a nehorľavých striech. Po 2. svetovej vojne občania získali grófsku pôdu pre ďalšiu, modernejšiu výstavbu nových rodinných domov na novej ulici, za stodolami starých domov a záhrad. V 2. svetovej vojne prišlo o život niekoľko občanov Klčova (napr. rodina židov Engelhardt - 6 osôb). Počas frontu tu zahynuli dvaja neznámi Nemci, sú pochovaní na klčovskom cintoríne.
Archeologické nálezy: Náhodné archeologické nálezy, potvrdené archeológmi Javorským a Valaskom, dokazujú prítomnosť človeka na území Klčova už hlboko v praveku. V Končanoch (priamo na dnešnom ihrisku), na Hájiku a priľahlých pozemkoch Klčova sa našli najstaršie kamenné nástroje, úlomky z rôznej úžitkovej keramiky, spevnené vypálením, okraje pece a hlinená mazanina prútených domov. Našla sa tu aj slovanská keramická obetná nádoba, pravdepodobne z 10. storočia. Na území obce Klčov žili ľudia už pred 3 000 rokmi.
Archeologické pamiatky boli nájdené aj v okolí obce (na Dreveníku, v Gánovciach, na vyschnutých minerálnych prameňoch Hôrky, mikénske zlaté predmety, ruiny a výstavba mesta pri Spišskom Štvrtku). Nad Klčovom na juhozápadnom svahu chotára, na Hurke, sa našiel ženský keltský náramok, teraz uložený v archeologickom zariadení v Spišskej Novej Vsi. V 60-tych rokoch na pozemkoch Klčova - Lance, bola v hĺbke 300 m objavená veľmi koncentrovaná morská voda pod tlakom 12 atmosfér pri teplote 18° C. Podľa geologických predpokladov sa jazero nachádza od Sivej brady až po Gánovce.
Významné osobnosti, ktorých život je spojený s obcou Klčov: Valent Berko - Slobodná Európa v Mníchove, Šimon Ondruš - jazykovedec v Ústave Ľudovíta Štúra v Bratislave, František Kočiš - jazykovedec v Ústave Ľudovíta Štúra v Bratislave, Ján Kočiš - profesor na školách v Levoči, Šimon Dzurilla - veterinár v Kráľovskom Chlmci, Michal Dzurilla - právnik v Bratislave, z mladších Ján Hrivňák - Ústav atómovej fyziky v Prahe, Peter Župnik - umelecký fotograf v Paríži, Marián Fabian - Univerzita v Houstone, kanonik Ján Janečko, Imrich Labanc, Jakub Ondruš, Štefan Galik, Ing. Štefan Farkašovský, Ján Ondruš, Viktor Dzurilla, Ján Kalafut, Miroslav Fabian, Amantius Akimjak, Rastislav Adamko, Ing. Miroslav Župnik, František Fabian a mnohí iní.
